Der Hauptzweck eines Antiseptikums ist die Bekämpfung der pathogenen Mikroflora. Unter modernen Bedingungen werden Alkohole und ihre Gemische (Ethyl, Propyl, Isopropyl), Salze verschiedener Chemikalien, Borsäure, QAC (quaternäre Ammoniumverbindungen), Jodlösung usw. zur Bekämpfung verwendet. Antibiotika sind ein wirksames Mittel zur Unterdrückung der pathogenen Mikroflora.
Bei der Ethanolherstellung ist die Verwendung von antibakteriellen Mitteln weit verbreitet, da die «Reinheit» des Verfahrens eine wichtige Rolle bei der Erzielung optimaler Bedingungen für die Lebensdauer der Hefe spielt und die Umwandlung von Stärke in Ethanol ohne Verlust sicherstellt.