Le but principal d'un antiseptique est la lutte contre la microflore pathogène. Dans les conditions modernes, les alcools et leurs mélanges (éthyle, propyle, isopropyle), les sels de divers produits chimiques, l'acide borique, le CAQ (composés d'ammonium quaternaire), la solution d'iode, etc. sont utilisés pour combattre. Les antibiotiques sont un moyen efficace d'inhiber la microflore pathogène.
Dans la production d'éthanol, l'utilisation d'agents antibactériens est largement utilisée, car la «pureté» du processus joue un rôle important dans l'obtention de conditions de vie optimales pour la levure, assurant une conversion sans perte de l'amidon en éthanol.