Основное назначение антисептика - борьба с патогенной микрофлорой. В современных условиях для борьбы используют спирты и их смеси (этиловый, пропиловый, изопропиловый), соли различных химических веществ, борную кислоту, ЧАС (четвертичные аммониевые соединения), раствор йода и т.д. Действенным средством угнетения патогенной микрофлоры являются антибиотики.
В производстве этанола использование антибактериальных средств получило широкое применение, так как «чистота» процесса играет важную роль в достижении оптимальных условий жизнедеятельности дрожжей, обеспечивая без потерь преобразования крахмала в этанол.