Głównym celem środka antyseptycznego jest zwalczanie patogennej mikroflory. W nowoczesnych warunkach do walki stosuje się alkohole i ich mieszaniny (etyl, propyl, izopropyl), sole różnych chemikaliów, kwas borowy, QAC (czwartorzędowe związki amoniowe), roztwór jodu itp. Antybiotyki są skutecznym środkiem tłumienia patogennej mikroflory.
W produkcji etanolu szeroko stosuje się środki przeciwbakteryjne, gdyż «czystość» procesu odgrywa ważną rolę w uzyskaniu optymalnych warunków życia drożdży, zapewniając bezstratną konwersję skrobi w etanol.